故事产生于东京，在全球最大致育盛事WSG行将召开之际，知名企业的高官却接连在赞助商酒会现场遭到绑架，而自新名古屋站至东京的最高时速1000km的真空超导磁悬浮列车也被卷入此中，一场牵动国际眼光的重大案件就此睁开。

铁剑（高山南 配音）奉父之命潜心钻研剑道，在角逐场上遇见了平生的宿敌鬼丸猛（堀川亮 配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，获得了绝世至宝风神剑。这边厢，铁剑亦获得了一样拥有壮大气力的雷神剑…

良久良久之前，人人间鬼怪横行，魑魅魍魉泛滥成灾。那时出现了一个最强的役小角，他降服了拥有壮大实力的鬼神为自己所用，以铲除为非作恶的鬼怪。在役小角临死之际，他将鬼神封印，人人间绝少听闻鬼神的消息。时候来到了现代，役小角的子…

工藤新一，帝丹高中二年级学生，与小兰是两小无猜，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦察。他喜好看推理小说，最崇敬福尔摩斯，别的踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的买卖被灌下毒药APTX4869，可是没有…

真新镇的少年年满10岁以后，就能够获得训练神奇瑰宝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最利害的神奇瑰宝训练巨匠为方针，行将踏上了修行之旅。小智由于早上赖床迟到，险些落空遴选神奇瑰宝的资格，无法下他领走了一只被挑剩…

小兰的朋友原子家铃木财团预备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回想之卵，回想之卵里保藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的体式格局列明他盗宝的时候。…

正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时辰，突如其来的大盗向佐藤扑去！高木为了珍爱佐藤而受伤，好在人命无忧。可这时映入佐藤…